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这夜，点点繁星缀满天幕，三百余艘战船聚集在锦江湾畔，舳舻千里，旌旗蔽空。在海风的鼓动下，印有五七桐的船帆显得格外显眼。水军旗舰“日本丸”的甲板上，任那总代官、驻朝日军总大将小笠原备后守忠清迎风肃立，一脸严肃地注视着不远处火光冲天、硝烟弥漫的内城。由于比预定时间晚了九天，他必须尽快攻克此城，完成对岛津家的压制。
其实早在接到加藤清正求援信的第二天，小笠原忠清就召集任那奉行福岛正晴，准备调集两万五千驻朝大军开赴肥后熊本港支援丰臣联军。然而，接替岛津义弘担任“任那守”的岛津氏家老喜入忠续拒绝放行，他手中握有驻影岛的八百岛津军，同时，吉川元春之子繁沢元氏麾下的驻珍岛一千毛利军也受毛利辉元之命由其指挥。影岛和珍岛分别是扼守釜山和木浦的战略要地，岛上建有炮台数十座，若是不将这两颗钉子拔除，驻朝大军出海将面临巨大威胁。
喜入忠续知道小笠原忠清等人不会就此罢手，且考虑到自己兵力有限，便暗中与朝鲜义军首领郑仁弘、孙仁甲等人会晤，唆使两人在全罗道和庆尚道一带发动暴乱，从而牵制大量日军主力，使得大军短时间内没有办法出海。当然，郑孙二人不会白白付出，喜入忠续谎称自己能代表日本与其达成协议，只要他们能将日军拖在两道无暇他顾，待日本本土战斗结束，便会请求“日本国王”撤兵。
郑孙二人信以为真，于四月二十二日在全罗道的光州、顺天，庆尚道的鸟岭、伽倻山一带发动起义，闻讯而响应者多达近万人。小笠原忠清虽然知道这是喜入忠续的计谋，但还是没办法视而不见，他与福岛正晴分别率领一万大军奔赴全罗道和庆尚道围剿义军。
两年前，秀保为尽快同化朝鲜，允许汉人和少量女真人来鸟岭以南（岭南地区）经商和耕作，当时汉人来此耕种一家多则十余亩，少则四五亩地，且每年只需上缴官府四成收成，因而吸引了大量汉人前来安家落户。而朝鲜人由于耕作水平相对落后、且受日本方面刻意打压，很大一部分开始逃离岭南前往尚在朝鲜国王手中的江原道和京畿道寻求庇护，但也有一部分不愿背井离乡，加入了朝鲜义军，对日军据点乃至汉人富农袭扰攻击。
因此，不少汉人、日本人以及女真人自发组织起来，团结一致对抗朝鲜义军，但他们主要是应对小股义军的袭扰，两股最大的义军——郑仁弘的“白袄军”和孙仁甲的“乞活军”则需要日军作为主力进行压制。
经过近一年的重点打击，加之各族民兵的有力配合，白袄军由最鼎盛时期的一万多人下降至六千人，且主要分布在全罗道中北部；乞活军长期在伽倻山一带山林中游击，对日军釜山、蔚山等地的威胁巨大，因此遭受的损失更为惨重，由最高峰时的一万五千余人锐减至三千八百余人，且随着日军包围网的逐步缩小，临阵逃脱的现象也越来越突出。
郑仁弘和孙仁甲面对日军的步步紧逼，自是不愿坐以待毙，且得到喜入忠续的保证，最终决定全军出动，在鸟岭到智异山的广袤战场上对日军和各族民兵发动袭击。
面对义军的四面出击，小笠原忠清和福岛正晴的镇压最初并未有太大效果，四月二十四日，两人决定在岭南地区发起总动员，为民兵配发武器装备，按照一比一的比例将其与日军合编，从而使参战兵力瞬间达到四万五千余人。这一方面增强了民兵的战斗力，另一方面强化了指挥，使得民兵不再各自为战，增强的军势的组织和协调力。
这种改编的成果是显而易见的，在日军与民兵的紧密配合下，朝鲜义军的在各地都在遭受重创，其擅长的游击战也难以开展，战争的天平开始逐步向日军倾斜。
四月二十六日，白袄军主力在顺天城郊遭遇惨败，郑仁弘被民兵首领王承安（后成为“辅明军”总大将，率部参与了萨尔浒大战，因功擢升大明光州总兵官）讨取，白袄军也随之溃败，再也不成气候；二十七日，联军对伽倻山发动总攻，孙仁甲于当晚被叛徒鸩杀，福岛正晴按照约定允许仅剩的八百余人出山，其中愿意留下的允许回老家耕作，不愿留下的则允许其前往江原道或京畿道并发放盘缠。自此，持续两年的朝鲜义军骚动基本终结，此后虽然仍时有小股义军在鸟岭周边活动，但已不成气候，岭南地区实现了久违的安全和稳定。
除此之外，各族民兵在此次战役中表现出色，后来经秀保应允，正式允许其自行组建军队维持地方治安，其中以王承安的“辅明军”、陈可基的“护国军”、松本元盛的“西海军”最为出名，这三支军队在后来对抗女真人的战斗中表现出色，陈可基更是一度官至辽东经略、挂兵部尚书衔，成为在朝汉人中的佼佼者。当然，这些都是后话。
经过六天的激战，阻碍小笠原忠清出兵的外部障碍已经扫除，接下来便是清理珍岛的毛利军和影岛的岛津军。也许是知道计划落空，且单凭一己之力难以阻止驻朝大军出海，繁沢元氏竟率领毛利军撤离珍岛，坐船返回了长门国。而喜入忠续则不愿撤退，率领岛津军坚守影岛水寨。
影岛最终在二十八日清晨被福岛正晴率部攻克，丰臣军损失战船三十余艘，死伤军势五百余人；岛津军方面，喜入忠续腹部中弹后切腹自尽，全军阵亡者达五百八十人，剩余的二百余人被押解至釜山看押。
至此，朝鲜的战事才算是真正结束，小笠原忠清随即率领两万五千精锐军势（其中铁炮队三千八百人）和三百余艘战船前往九州，但由于得知加藤清正已离开熊本城，岛津忠恒也离开了内城，因此决定偷袭岛津氏后方，用一招釜底抽薪，彻底断绝岛津氏据城死守的念想。